Health Sciences Research Centres
- Associação para Investigação Biomédica e Inovação em Luz e Imagem (AIBILI)
- Centro de Ciências Forenses - Evaluated by the Fundação para a Ciência e a Tecnologia (Foundation for Science and Technology) and member of the University of Coimbra's Institute for Interdisciplinary Research
- Centro de Cirurgia Cardiotorácica
- Centro de Estudos Farmacêuticos - Evaluated by the Fundação para a Ciência e a Tecnologia (Foundation for Science and Technology) and member of the University of Coimbra's Institute for Interdisciplinary Research
- Centro de Estudos e Investigação em Saúde da Universidade de Coimbra
- Centro de Gastrenterologia – Evaluated by the Fundação para a Ciência e a Tecnologia (Foundation for Science and Technology)
- Centro de Histofisiologia, Patologia Experimental e Biologia do Desenvolvimento
- Centro de Investigação do Desporto e da Actividade Física
- Centro de Neurociências de Coimbra - Evaluated by the Fundação para a Ciência e a Tecnologia (Foundation for Science and Technology) and member of the University of Coimbra's Institute for Interdisciplinary Research
- Centro de Oftalmologia e Ciências da Visão
- Centro de Pneumologia - Evaluated by the Fundação para a Ciência e a Tecnologia (Foundation for Science and Technology) and member of the University of Coimbra's Institute for Interdisciplinary Research
- Instituto Biomédico de Investigação da Luz e da Imagem (IBILI) - Evaluated by the Fundação para a Ciência e a Tecnologia (Foundation for Science and Technology) and member of the University of Coimbra's Institute for Interdisciplinary Research