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FMUC

Laboratório de Citogenética e Genómica

Diagnóstico Pré-Natal

pre2

Citogenética Convenvional e Citogenética Molecular

O estudo do cariótipo constitucional continua a ser uma ferramenta essencial para o diagnóstico citogenético Pré-Natal. Permite observar todo o genoma, podendo ser identificadas tanto  alterações cromossómicas estruturais equilibradas como desequilibradas, bem como alterações do número de cromossomas e situações de mosaicismo.

Com a citogenética molecular permite-se o estudo mais pormenorizado de regiões cromossómicas específicas, aumentando-se o poder de resolução da citogenética convencional. O LCG disponibiliza uma vasta biblioteca de sondas de FISH, sendo sempre possível, para casos específicos, e com acordo do laboratório a aquisição de novas sondas.

O LCG disponibiliza vários teste citogenéticos convencionais e moleculares para várias amostras diferentes tais como: líquido amniótico, biopsia do trofoblasto, sangue fetal e pele fetal. A recepção de outras amostras, como por exemplo placentas, poderá ser combinada com o LCG, após discussão prévia com o laboratório.

Diagnóstico Rápido de Aneuploidias mais comuns

O despiste rápido de aneuploidias mais comuns permite, num intervalo curto de tempo (24h-72h), avaliar a ploidia (número) de cromossomas 13, 18 e 21 e dos cromossomas sexuais X e Y, em DNA extraído de amostras de líquido amniótico, biopsia do trofoblasto, sangue fetal ou pele fetal.

O LCG para este objectivo utiliza rotineiramente a técnica de QF-PCR, podendo sempre que se justifique utilizar também a técnica de MLPA.

É ainda possível recorrer à técnica de FISH em amniócitos não cultivadas para efectuar este diagnóstico rápido.

Nas amostras de amostras de DPN em que a análise de microarray é solicitada, e  caso o género do feto não esteja identificado na informação clínica, é necessário efectuar o teste de QF-PCR para determinar o género do feto.

array-CGH

O LCG utiliza a plataforma Agilent com arrays dos formatos 180 000 (180K) e 60 000 (60K) sondas para fazer o estudo de todo o genoma em DNA extraído de amostra de líquido amniótico ou de biopsia do trofoblasto de gravidezes de alto risco. Os microarrays de oligonucleótidos de 180K e 60K, permitem identificar Copy number variations (CNV) com uma resolução analítica média de 60kb e 160kb, respectivamente. As CNVs identificadas são comparadas em bases de dados internacionais de variantes genéticas conhecidas e analisadas por técnicos experientes, sendo reportadas seguindo as guidelines internacionalmente aprovadas. O LCG garante assim a elaboração de um relatório segundo os mais exigentes critérios de qualidade.

O array-CGH tem como limitações principais a não detecção de alterações cromossómicas estruturais equilibradas, assim como não detecta situações de mosaicismo de baixa expressão nem mutações pontuais.

As CNVs reportadas identificadas pelo array-CGH são confirmadas por cariótipo, MLPA e FISH ou então avaliando o genoma dos progenitores para determinar a sua hereditariedade.

Poderão ser requisitados pelo LCG testes adicionais, na amostra existente ou em novas amostras, de modo a clarificar interpretações clínicas ou estudos familiares.

A utilização de arrays de formatos diferentes terá ser discutidas com o Laboratório.

Biologia Molecular - MLPA e MS-MLPA

O LCG utiliza um vasto conjunto de painéis de sondas comerciais de MLPA para o estudo de alteração do número de cópias em diferentes síndromes. Estudos sobre  de alteração dos padrões de metilação, relacionadas com síndromes, são também estudadas e avaliadas por MS-MLPA, com painéis de sondas comerciais.

A possibilidade de aquisição de novos painéis de sondas é possível, após discussão prévia com o LCG.

CITOGENÉTICA CONVENCIONAL

metafase

Cultura celular de Líquido Amniótico    

Cultura celular de Vilosidades coriónicas  

Cultura celular de Sangue Fetal do Cordão   

Estudo do cariótipo de Líquido Amniótico

Estudo do cariótipo de Vilosidades coriónicas 

Estudo do cariótipo Sangue Fetal do Cordão

GENÓMICA

array 790
Array-CGH (Comparative Genomic Hybridization)

180K

60K

Nota – Existem outras plataformas com diferentes níveis de resolução disponíveis mediante contacto prévio com o LCG.

BIOLOGIA MOLECULAR

identifiler
Extracção de DNA
  • A partir de amostras de Sangue Periférico, Líquido Amniótico, Vilosidades coriónicas e Biópsia de Pele. A possibilidade de enviar outras amostras deverá ser previamente discutida com o LCG.
Despiste de contaminação materna  
Diagnóstico do Síndrome de X-frágil (número de tripletos do gene FMR1):
  • Diagnóstico molecular de FRAXA por PCR
  • Diagnóstico molecular de FRAXA por PCR e Triplet Repeat Primed PCR
QF-PCR (Quantitative Fluorescence-Polymerase Chain Reaction)
  • Despiste rápido de aneuploidias mais comuns (cromossomas 13, 18, 21, X e Y) em diagnóstico prénatal
MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification)
  • Despiste rápido de aneuploidias mais comuns (cromossomas 13, 18, 21, X e Y) em diagnóstico prénatal

  • Estudo das regiões subteloméricas

  • Estudo das regiões envolvidas no autismo:

  • ●15q11-q13 ● 16p11 ● 22q13

  • Síndrome de DiGeorge - Pesquisa da região 22q11.2

MS-MLPA (Methylation-Specific MLPA)
  • Síndrome de Prader-Willi / Angelman - Pesquisa da região 15q11-q13 e estudo do padrão de metilação

  • Síndrome de Beckwith-Wiedemann – Pesquisa da região 11p15 e estudo do padrão de metilação.

Pesquisa por MLPA de Síndromes de Microdeleção e outras regiões específicas:

  • Síndrome de deleção 1p36

  • Microdeleção 1q21.1

  • Microdeleção 2p16

  • Microdeleção 3q29

  • Síndrome Wolf-Hirschhorn, 4p16.3

  • Síndrome Cri du Chat, 5p15

  • Síndrome Sotos, 5q35.3

  • Síndrome Williams

  • Microdeleção 7q36.1

  • Síndrome Langer-Giedion, 8q

  • Microdeleção 9q22.3

  • Síndrome DiGeorge região 2, 10p15

  • Síndrome Wagr

  • Microdeleção 12p11.23

  • Síndrome Prader-Willi / Angelman

  • Síndrome de deleção 15q24

  • Síndrome Rubinstein-Taybi

  • Microdeleção 16p11.2\16p12.1

  • Síndrome Miller-Dieker, 17p

  • Síndrome Smith-Magenis

  • Síndrome de microdeleção NF1

  • Microdeleção 17q12

  • Microdeleção 17q21

  • Microdeleção 18q21.2 1

  • Microdeleção 20p12.2

  • Síndrome DiGeorge, 22q11

  • Síndrome Phelan-Mcdermid, 22q13

  • MECP2 / duplicação Xq28

Nota – Poderão ser efectuados outros estudos pela técnica de MLPA além dos mencionados mediante contacto prévio com o LCG.

CITOGENÉTICA MOLECULAR- FISH (Fluorescence in situ Hybridization)

fish

FISH em interfases para as aneuploidias mais comuns (cromossomas 13, 18, 21, X e Y)

Pesquisa por FISH de aneuploidias para o cromossoma 20

Pesquisa por FISH de aneuploidias para os cromossomas sexuais (X/Y)

Análise por FISH com sondas centroméricas

Análise por FISH com sondas centroméricas– Sistema Multiprobe

Análise por FISH com sondas de pintura

Análise por FISH com sondas de pintura – Sistema Multiprobe

Análise por FISH de regiões subteloméricas

Análise por FISH das regiões subteloméricas - Sistema Multiprobe

Análise por FISH com sondas de sequência única

Caracterização de cromossomas marcadores

FISH para síndromes de microdeleções e outras regiões específicas:

  • Síndrome de Wolf-Hirschhorn (4p16.3)
  • Síndrome de Cri du Chat (5p15.2)

  • Síndrome de Williams Beuren (7q11.23)

  • Síndrome de Saethre Chotzen (7p21.1)

  • Síndrome de DiGeorge II (10p13)

  • Síndrome de Angelman (15q11.2)

  • Síndrome de Prader-Willi (15q11.2)

  • Autismo (15q11)

  • Síndrome de Miller-Dieker (17p13.3)

  • Síndrome de Smith-Magenis (17p11.2)

  • Síndrome de DiGeorge I/VCFS (22q11.2)

  • Síndrome de Phelan-McDermid (22q13.3)

  • Síndrome de Cat Eye (22q11)

  • Microdeleção da região Yp11.2 (SRY)

  • Microdeleção do gene SHOX (Xp22/Yp11.3)

OUTROS PROCEDIMENTOS E SERVIÇOS

Imortalização de linfócitos com EBV (Vírus de Epstein Barr)

Culturas primárias e sua propagação para outros estudos (ex: bioquímicos ou moleculares)

Propagação e criopreservação de linhas celulares em azoto líquido.

Indicações para análise citogenética

Todos os testes disponíveis

Requisitos de colheita e envio de amostras

Requisição para diagnóstico Pré-Natal