Centros de Investigação em Ciências Naturais
- Centro de Investigação em Biotecnologia (Biocant)
- Centro de Geociências (CG) - Avaliado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia e membro do Instituto de Investigação Interdisciplinar da Universidade de Coimbra
- Centro de Geofísica da Universidade de Coimbra - Avaliado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia
- Instituto do Mar, Centro Interdisciplinar de Coimbra IMAR - Avaliado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia e membro do Instituto de Investigação Interdisciplinar da Universidade de Coimbra