Na sua criação, o curso de Engenharia Civil da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra foi desde logo orientado para os tradicionais campos de actividade da Engenharia Civil: estruturas, hidráulica, aproveitamentos hidráulicos, planeamento de edifícios e habitações, fundações e obras subterrâneas, energias e transportes.

O curso funcionou, inicialmente, com base em disciplinas semestrais, em que os dois primeiros anos curriculares eram integralmente preenchidos com disciplinas propedêuticas das áreas de Matemática, Física, Química, Geologia e Mineralogia e Desenho. Nos restantes três anos eram ministradas as disciplinas-base das Ciências da Engenharia e disciplinas da especialidade. As disciplinas de opção encontravam-se distribuídas por estes três anos curriculares. 

A evolução do funcionamento pedagógico do curso e a contratação de docentes com a adequada preparação e experiência no campo da engenharia civil permite, nos anos subsequentes, alterações ao plano de estudos com vista a uma melhor preparação dos alunos.

Assim, no ano lectivo 1983/1984, o curso encontrava-se estruturado com base em disciplinas anuais e semestrais, notando-se, relativamente a 1973, um aumento do número de disciplinas obrigatórias na área das ciências da engenharia e de disciplinas da especialidade. Existiam, na altura, disciplinas de opção nas áreas de especialização de Estruturas, Hidráulica e Urbanização e Transportes, as quais eram ministradas no segundo Semestre do quinto ano curricular. Em 1984/1985 foi instituído o regime de unidades de crédito mantendo-se, no entanto, a estrutura curricular anterior. 

No ano lectivo de 1990/1991 procedeu-se a uma reestruturação significativa do plano de estudos. As disciplinas voltam a ser, em regra, semestrais, por este regime permitir maior flexibilidade para pequenos ajustamentos do plano de estudos e por se ter verificado, no regime de disciplinas anuais, maiores dificuldades pedagógicas. O plano de estudos passa a ser composto por um total de 44 disciplinas obrigatórias, das quais duas são anuais, e por quatro disciplinas de opção, a escolher de um grupo de disciplinas de dimensão variável. No ano lectivo de 1993/1994 foram postas à disposição dos alunos 16 disciplinas de opção. 

No ano lectivo de 1999/2000, o plano de estudos passou a contemplar seis perfis de especialização no quinto ano, correspondentes às áreas temáticas de Construções, Estruturas, Geotecnia e Fundações, Hidráulica e Recursos Hídricos, Mecânica Estrutural e Urbanismo, Ordenamento do Território, Transportes e Vias de Comunicação. O Mestrado Integrado em Engenharia Civil (MIEC) do DEC-FCTUC entrou em funcionamento no ano lectivo de 2007/2008, substituindo a anterior licenciatura em Engenharia Civil. Esta alteração foi suscitada pela necessidade de adaptação do curso de Engenharia Civil a um novo formato compatível com as orientações definidas pelo Protocolo de Bolonha. O MIEC está estruturado em dois ciclos de estudos. A conclusão do 1º ciclo requer a obtenção de 180 unidades de crédito, ou ECTS (European Credit Transfer System), repartidas igualmente por cada um dos três anos, que permite assegurar o acesso ao 2º Ciclo, que corresponde a 120 ECTS adicionais. A obtenção do grau de Mestre requer a conclusão dos dois ciclos de estudos num total de 300 ECTS.

O plano de estudos continua a contemplar seis perfis de especialização nas áreas temáticas de Construções, Estruturas, Geotecnia, Hidráulica, Recursos Hídricos e Ambiente, Mecânica Estrutural e Urbanismo, Transportes e Vias de Comunicação, a que os alunos acedem no último ano do curso.

A estrutura e conteúdo curriculares têm em vista proporcionar uma formação sólida no domínio da Engenharia Civil, tanto para o exercício profissional nas suas múltiplas vertentes de actividade como para o acompanhamento e intervenção ao nível da inovação científica e tecnológica.

 No ano lectivo 2002/2003, iniciou-se, no Departamento de Engenharia Civil da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra, o curso de Licenciatura em Engenharia do Ambiente, criado pelo Despacho nº18 187 de 16 de Agosto de 2002 (D.R. Nº188 – 2ª Série), correspondendo-lhe o Registo R/177/2002.

No Anuário dos Engenheiros do Ambiente (1998) definia-se a Engenharia do Ambiente como "o ramo da Engenharia que estuda os problemas ambientais de forma integrada nas suas dimensões ecológica, social, económica e tecnológica, com vista a promover o desenvolvimento sustentável".

Foi nesta linha que se organizou esta Licenciatura em Engenharia do Ambiente, proporcionando-se uma sólida formação científica de base e privilegiando-se a interdisciplinaridade no que respeita à formação em ciências e tecnologias da engenharia e do ambiente.

Aos licenciados em Engenharia do Ambiente pela FCTUC atribuem-se capacidades de intervenção em: problemas de poluição do ar, da água e do solo, identificando e caracterizando as fontes poluidoras, modelando os fenómenos e aplicando as tecnologias necessárias à obtenção de soluções práticas; matéria de resíduos sólidos e líquidos, fazendo a respectiva caracterização e propondo tecnologias adequadas à sua remoção e tratamento; gestão de recursos naturais, com particular destaque para a água; problemas de poluição sonora, propondo medidas de remediação; problemas de conservação e recuperação de sistemas, recorrendo à modelação ecológica e propondo medidas para o reequilíbrio; problemas de planeamento energético, analisando e propondo alternativas tecnicamente adequadas; problemas de planeamento, ordenamento e gestão ambiental ao nível do país, da região ou do local, propondo medidas respeitadoras dum desenvolvimento sustentável; análise de riscos e avaliação de impactes ambientais; análise do ciclo de vida dos produtos; sistemas de abastecimento de água e de saneamento básico; diagnósticos, auditorias e consultorias ambientais; educação ambiental.

No ano lectivo de 2007-2008 iniciou-se o Mestrado Integrado em Engenharia do Ambiente (Despacho n.º 21 186-C/2007, Diário da República, 2.ª série — N.º 176 — 12 de Setembro de 2007) decorrente da adaptação da anterior Licenciatura em Engenharia do Ambiente, iniciada em 2002/2003, ao modelo definido pelo Protocolo de Bolonha. A transversalidade característica deste ramo de Engenharia é assegurada pelas diferentes valências existentes na FCTUC, permitindo uma visão integrada dos sistemas e tornando possível o diálogo com técnicos de outras formações.

Este curso de Mestrado Integrado em Engenharia do Ambiente envolve diferentes Departamentos da FCTUC: Matemática, Física, Química, Ciências da Vida, Ciências da Terra, Engenharia Química, Engenharia Informática, Engenharia Civil e Engenharia Mecânica. Esta organização é uma mais valia para o curso uma vez que conta com a colaboração de especialistas das diferentes áreas e a oportunidade de utilizar diferentes infra-estruturas e laboratórios da Universidade.

Tirando partido desta realidade da FCTUC, o Doutoramento em Engenharia do Ambiente iniciado no ano lectivo de 2010/2011 tem o objectivo de contribuir para a formação de investigadores solidamente preparados para promover o desenvolvimento científico e a inovação tecnológica no domínio da Engenharia do Ambiente, não só em estabelecimentos de ensino superior e em laboratórios de investigação, mas também em instituições públicas e em empresas, em Portugal e no estrangeiro.

Em termos mais específicos, é objectivo do programa concorrer para a formação de recursos humanos na área da Engenharia do Ambiente capazes não só de analisarem problemas ambientais complexos tendo em conta as suas dimensões ecológica, social, económica e tecnológica de forma integrada, como também, e principalmente, de conceberem soluções mais eficientes e sustentáveis para esses problemas.