O União Europeia definiu cinco domínios de missão ou cinco missões, no âmbito do programa Horizonte Europa, que visam contribuir para a concretização dos objetivos do Pacto Ecológico Europeu, do Plano Europeu de Luta contra o Cancro e dos Objetivos do Desenvolvimento Sustentável. Num dos mais ambiciosos desafios até à data, a UE propõe-se a resolver questões tão abrangentes como:
- O combate às alterações climáticas
- Encontrar uma cura para o cancro
- Proteger os oceanos
- O desenvolvimento das cidades do futuro
- Assegurar a saúde do solo e alimentos
O cumprimento destas missões está associado a oportunidades de financiamento dentro do Programa Horizonte Europa, em cada missão e, em particular, dentro do pilar 2 - Desafios Globais e Competitividade Industrial Europeia, em interligação com os restantes pilares do programa.