O CEAACP apresenta três Grupos de Trabalho:
Estes grupos, definidos disciplinarmente, trabalham “Arquivos” de diferente natureza, desenvolvendo a pesquisa num sentido interdisciplinar e transdisciplinar.
A orientação transdisciplinar da pesquisa tem como objetivo encontrar interfaces de diálogo entre os investigadores dos diferentes Grupos de Trabalho e organizar projetos com objetivos diversos.
O atual plano estratégico privilegia o estudo das paisagens e dos contactos culturais, estruturando a atividade de pesquisa em projetos que visam os seguintes estudos:
- Arquitetura vernacular em Portugal e no Mediterrâneo;
- Dinâmicas de reconfiguração cultural da Pré-história recente e Proto-história;
- Cidades e territórios do sul da Lusitânia;
- Territórios das artes;
- Territórios e memória;
- Arqueologia do próximo Oriente;
- Arqueologia dos PALOP;
- Arqueologia e descolonização;
- Arqueogeografia;
- Património Mundial.
Os diferentes projetos de pesquisa são orientados no sentido da promoção do desenvolvimento local, da ciência cidadã e da diplomacia científica.