Montagem
Os métodos e técnicas para montagem e conservação de material seguem várias das práticas do Herbário do Royal Botanic Garden Edinburgh (E).
Controlo de qualidade dos exemplares
A Colecção Portuguesa está a ser restaurada.
Devido à interrupção do processo de fumigação nos anos 1970-80 ocorreu a contaminação de algum material com o Coleoptera Lasioderma serricorne (Fabricius, 1792). Também em alguns casos o material de suporte não envelheceu com qualidade e cedeu à manipulação.
Controlo de pestes
Durante décadas o controlo de pestes foi feito com dissulfeto de carbono. Este tratamento foi interrompido quando foi declarada a sua proibição e só após duas décadas foram introduzidos novos procedimentos.
Todos os materiais vegetais passam por um tratamento a frio antes de entrarem no Herbário. O tratamento consiste em dois períodos de 48 hrs a -18oC, com um intervalo à temperatura ambiente. Os exemplares são selados em sacos de plástico.
É realizada uma fumigação química em cada um dos dois andares do Herbário a cada quatro anos.