Coleções
COI tem c. 800.000 exemplares de todos os grupos tradicionalmente considerados plantas: plantas com flor, gimnospérmicas, fetos, musgos, hepáticas e algas - para além de fungos e líquenes. O herbário está dividido em coleções, fruto das prioridades de investigação realizadas ao longo de décadas. As coleções estão organizadas de acordo com diferentes sistemas de classificação normalizados.
Coleção Histórica de Willkomm
o Herbarium Mediterraneum Pyrenaicum et Canariense inclui o material utilizado para a publicação da primeira Flora de Espanha, Prodromus Flora Hispanicae (Willkomm & Lange, 1861-80); com muitos exemplares-tipo.
Colecção Africana (África subsaariana)
Exemplares dos países subsaarianos, sobretudo das ex-colónias portuguesas; uma coleção particularmente importante
Colecção Portuguesa
Coleção Importante da flora portuguesa
Colecção Geral
Constitui a maior colecção de plantas do mundo em Portugal
Colecção de Criptogamia
Criptogâmicas não vasculares, principalmente da Europa, espécimes-tipo presentes; o material do Colégio Jesuíta de São Fiel está aqui.
Seminarium
Colecção de sementes.
Batotheca de Henri Sudre
Colecção de Rubus de Henri Sudre. Todos tipos