Em 1772 a Universidade de Coimbra no reinado de D. José, como se sabe profundamente marcado pelas políticas reformistas do seu Secretário de Estado, o Marquês de Pombal, teve novos Estatutos, justamente estimulados e promulgados pelo Marquês de Pombal. Foi reitor reformador D. Francisco de Lemos. A reforma da Universidade de 1772 é considerada por muitos historiadores da Universidade a mais profunda da sua história. Com os Estatutos de 1772 foi estimulado na Universidade o ensino experimental à semelhança do que existia em vários países europeus. Foram solicitados pareceres a diversos especialistas portugueses para a modernização na Universidade, como foi o caso de Ribeiro Sanches para a Faculdade de Medicina onde se incluíam os estudos farmacêuticos. Com os Estatutos de 1772 foram fundadas duas novas Faculdades: de Filosofia e de Matemática. Foram fundados, também, vários estabelecimentos de ensino experimental para ensino e investigação pois pretendia-se dinamizar o ensino experimental na Universidade. Assim, foram fundados o Hospital Escolar, o Teatro Anatómico, o Dispensatório Farmacêutico (botica do Hospital Escolar), o Jardim Botânico, o Laboratório Químico, o Gabinete de Física, o Gabinete de História Natural e o Observatório Astronómico. Os três primeiros dependiam da Faculdade de Medicina. Na Faculdade de Medicina foram de grande importância os conselhos dados por Ribeiro Sanches a quem o Marquês de Pombal solicitou parecer para modernizar a Universidade e em particular a Faculdade de Medicina,tendo sido capitais as influências que Ribeiro Sanches teve de Hermann Boerhaave. O curso de boticários fundado pela reforma pombalina estava integrado na Faculdade de Medicina, dependia da disciplina de Matéria Médica e Arte Farmacêutica do curso de medicina e era um curso de quatro anos repartidos do seguinte modo:: dois anos de aprendizagem de química no Laboratório Químico e dois anos de aprendizagem de arte farmacêutica no Dispensatório Farmacêutico. O ensino era essencialmente prático. O curso não era conducente a qualquer grau académico. Pela primeira vez o ensino farmacêutico universitário era leccionado dentro do espaço da Universidade e os alunos boticários tinham formação em química que na época era fundamental para a preparação medicamentosa. A via do físico-mor do reino, existente desde 1521, continuava a vigorar sendo uma forte concorrente desta via da Universidade. É neste período que se escreveu a primeira farmacopeia oficial portuguesa

Em 1902 as reformas do presidente do conselho Hintze Ribeiro (1849-1907) contemplaram, também, e ensino farmacêutico e que mexeram igualmente com o meio profissional. Uma importante inovação foi a elevação do curso à categoria de superior. Passou a ser um curso de dois anos com quatro cadeiras bastante extensas. No primeiro ano: 1ª cadeira - História Natural das Drogas. Posologia; 2ª cadeira – Farmácia Química, Análises Microscópicas e Químicas Aplicadas à Medicina e à Farmácia. No segundo ano: 3ª cadeira - Farmacotecnia e Esterilização; 4ª cadeira – Análises Toxicológicas, Química Legal, Alterações e Falsificações de Medicamentos. Em 1915, pela primeira vez, na Universidade de Coimbra passou a existir um edifício específico para ensino farmacêutico — a Casa dos Melos — que havia sido atribuída à Escola de Farmácia em 1912. Em 1911 o ensino farmacêutico passou a ser autónomo relativamente à Faculdade de Medicina. Em 1918 a Escola passou a designar-se por Escola Superior de Farmácia. As reformas de 1911 e de 1918 não foram apenas reformas institucionais. Foram reformas do plano de estudos que, face à evolução das ciências farmacêuticas mantiveram muito atualizada a formação dos alunos de farmácia. Em 1921, as Escolas passaram ao estatuto de Faculdades respondendo a uma antiga aspiração dos farmacêuticos portugueses. Deve recordar-se que este período dos primeiros anos do século XX são de significativa importância para a história da farmácia. Desde logo pelo alargamento do arsenal terapêutico, depois pelas inovações científicas que iam surgindo (caso das inovações no campo da microbiologia e do controlo analítico) depois, pela expansão da indústria farmacêutica e pelas transformações que esta comportava, desde logo no plano jurídico.

A política de contenção económica do Estado Novo atingiu também o ensino universitário e a Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra. A Faculdade de Farmácia foi extinta em 1928, continuando a funcionar até 1932. Neste ano passou novamente ao estatuto de Escola. E foi neste mesmo ano que a Faculdade de Farmácia de Lisboa passou também ao Estatuto de Escola. Ficou apenas como Faculdade a congénere do Porto. O curso nas Escolas passou a ser apenas de três anos e era conducente a um curso profissional com o estatuto de bacharelato. A licenciatura, que havia sido introduzida em 1919, podia ser obtida unicamente na Faculdade de Farmácia da Universidade do Porto. Entre 1932 e 1968 o plano de estudo farmacêuticos manteve-se semelhante nas suas linhas mais gerais. É importante sublinhar que entre 1932 e 1968 a Escola de Farmácia de Coimbra passou por um período de significativa produtividade científica que lhe proporcionou voltar em 1968, e face ao empenhamento dos seus professores, investigadores (que em diversos domínios científicos faziam investigação de prestígio nacional e internacional) e diretores, ao estatuto de Escola. A vida científica e institucional da Escola encontra-se bem retratada na revista da instituição, fundada em 1934 – o Notícias Farmacêuticas. Esta publicação tinha orientação científica e socioprofissional e era um periódico relevante na literatura científica portuguesa.

Em 1968 a Escola de Farmácia da Universidade de Coimbra, à semelhança do que se passou com a congénere de Lisboa, passou novamente à condição de Faculdade. Assim, a renovada Faculdade passou a conceder os graus de bacharel, de licenciado e de doutor. No entender de muitos, tratou-se de repor justiça numa situação injusta e que molestava as ciências farmacêuticas em Portugal, bem como o exercício profissional farmacêutico.

A Casa dos Melos era o local destinado para o ensino farmacêutico. Contudo, com o avançar do tempo vinha-se mostrando insuficiente para o ensino farmacêutico cada vez mais exigente e com mais responsabilidades perante o meio profissional. Algumas instalações foram transferidas para outros edifícios, nomeadamente, para o Colégio de Jesus, para a Casa dos Contadores contígua à Casa dos Melos. Mais tarde, em 1996, as instalações prolongaram-se para os antigos serviços farmacêuticos dos Hospitais da Universidade de Coimbra.

Os recursos humanos da Faculdade foram sendo gradualmente alargados. Em 1978 uma nova reforma do plano de estudos, comum a Lisboa e ao Porto, pretendeu aproximar o ensino ao que mais avançado se fazia em alguns países Europeus, dividindo o curso em três ramos. Um deles voltado para a farmácia de oficina e hospitalar, outro para a indústria farmacêutica e o terceiro ramo para as análises clínicas. Durante a década de oitenta do século XX houve ajustamento da reforma surgiu uma nova reforma de estudos em 1988 que pretendiam formatar o farmacêutico português pelos padrões da Europa comunitária. O principal objectivo era a preparação do farmacêutico para os desafios da sociedade moderna e para os desafios científicos.

Em 2009 a Faculdade de Farmácia mudou de instalações. As instalações sediadas no Pólo I da Universidade de Coimbra, vulgarmente simbolizadas pela Casa dos Melos, deixaram de ser utilizadas pela Faculdade de Farmácia que passou a ocupar um moderno edifício construído de propósito para albergar a Faculdade de Farmácia. Foi em janeiro de 2009 que a Faculdade de Farmácia passou a ocupar as novas instalações. continua a corresponder às exigências, realizando, tanto do ponto de vista pedagógico como da investigação, trabalho de mérito reconhecido nacional e internacionalmente.

O espólio de interesse museológico existente na Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra é valioso e de relevância cultural e de investigações histórico-científicas. Esse espólio é o constituído essencialmente por utensílios, peças e equipamentos diversos em fase de continua catalogação. São peças com enorme valor científico que foram utilizadas no ensino e na investigação. Esse espólio apresenta um valor acrescido para a história das ciências, da farmácia, do ensino farmacêutico e da saúde e provém, na sua esmagadora maioria, da própria Faculdade. Remonta na sua generalidade ao século XX à Escola de Farmácia, sobretudo após as instalações próprias, em 1915. Mas também existe, porque foi identificado, espólio anterior a 1915 e proveniente da Escola de Farmácia. Esse material estaria disperso pelas instalações da Faculdade antes das instalações definitivas. Assim, o acervo integra algumas peças do século XIX e também outras peças, na sua maioria, da primeira metade do século XX, de origem nacional e estrangeira. Ao longo dos anos diversas objetos da Faculdade foram solicitadas para diversas exposições. Os antigos Laboratórios de Farmácia Galénica e Tecnologia Farmacêutica e de Farmacognosia da Faculdade de Farmácia foram a origem do maior número de peças. Com a mudança de instalações da Casa dos Melos para a atuais instalações no Pólo III da Universidade de Coimbra em 2009, foram encontradas muitas novas peças e outro material de interesse museológico. Nestas instalações existe uma zona de exposição e de reserva. Nas novas instalações ainda em 2010 realizou-se a primeira exposição organizada com o espólio reunido da Faculdade de Farmácia da Universidade de Coimbra.