Conselho Geral, Reitor e Conselho de Gestão são os Órgãos de Governo da Universidade de Coimbra.

O Conselho Geral integra 35 membros: representantes dos professores e investigadores, estudantes e trabalhadores não docentes e não investigadores da Universidade de Coimbra, bem como personalidades de reconhecido mérito externas à instituição. Das competências do Conselho Geral destacam-se a eleição do Reitor (e, em situação de gravidade para a vida da Universidade, a sua substituição, suspensão ou destituição), a apreciação dos atos do Reitor e do Conselho de Gestão, a proposta das iniciativas que considere necessárias ao bom funcionamento da Universidade e a aprovação das alterações aos Estatutos da Universidade, ouvido o Senado.

O Reitor é o órgão superior de governo e de representação externa da Universidade. Entre as suas competências estão a elaboração e apresentação ao Conselho Geral de propostas de plano estratégico de médio prazo, de linhas gerais de orientação, plano e relatório anuais de atividades, de orçamento e contas anuais consolidadas e de criação, transformação ou extinção de unidades orgânicas. Cabe-lhe também tomar as medidas necessárias à garantia da qualidade do ensino, da investigação, do desenvolvimento e da inovação, superintender na gestão dos assuntos académicos e pedagógicos e dos recursos humanos, bem como na gestão administrativa e financeira da Universidade e nos Serviços de Ação Social, além de exercer o poder disciplinar, entre outras funções.

O Conselho de Gestão tem as responsabilidades de condução da gestão administrativa, patrimonial, financeira e dos recursos humanos da Universidade. É constituído pelo Reitor, que preside, por um Vice-Reitor por ele designado e pelo Administrador da Universidade. O Reitor pode ainda designar até mais dois elementos, podendo ser convocados para participar nas reuniões do Conselho de Gestão, sem direito de voto, os Diretores das Faculdades e de outras unidades orgânicas, os responsáveis pelos serviços da Universidade e representantes dos estudantes e do pessoal não docente e não investigador.