Séculos XVII a XIX

1597-1605 – D. Afonso Furtado de Mendonça

1605-11 – D. Francisco de Castro
1611-18 – D. João Coutinho, em cujo reitorado se revestiu de azulejos a capela-mor da Capela de S. Miguel e se assentou o retábulo.
1618 - D. Vasco de Sousa
1618-24 – D. Francisco de Meneses
1624-31 – D. Francisco de Brito de Meneses
1633-37 – D. Álvaro da Costa
1638-39 – D. André de Almada
1638-59 – D. Manuel de Saldanha. Foi durante este reitorado que teve lugar a aclamação de D. João IV como rei de Portugal. O Claustro pleno reunido em 13 de dezembro de 1640, em nome da Universidade, aclamou o rei restaurador. Seis anos mais tarde, em 28 de julho, o reitor Manuel de Saldanha e os lentes da Universidade juraram solenemente a Nossa Senhora da Conceição e foi colocada lápide na Capela de S. Miguel, junto ao altar de Nossa Senhora da Luz, no mesmo dia em que a Imaculada Conceição foi proclamada padroeira do Reino. É também deste reitorado a transformação da Sala do Trono em Sala Grande dos Atos (conhecida por Sala dos Capelos).
1661-62 – D. Manuel de Noronha
1662 – Rodrigo de Miranda Henriques. No dia 25 de novembro de 1663 a Universidade celebrou, como de costume o dia de Santa Catarina. O sermão foi proferido, na Capela de S. Miguel, pelo Padre António Vieira.
1664-66 – Manuel Corte-Real de Abranches
1667-73 – André Furtado de Mendonça
1673-75 – Manuel Pereira de Melo
1675-79 – D. José de Meneses
1679-85 – D. Simão da Gama
1685-90 – Manuel de Moura Manuel
1690-94 – Rodrigo de Moura Teles
1694-1702 – Nuno da Silva Teles. Realizaram-se várias obras de ampliação das instalações universitárias. Fizeram-se novos “Gerais”; a Casa do Exame Privado foi acrescentada. Determinou-se que a Biblioteca se fixasse nos “Gerais” (atual Sala I da Faculdade De Direito).

1703-09 – D. Nuno Álvares Pereira de Melo
1710-15 – D. Gaspar de Moscoso e Silva
1715-18 – Nuno da Silva Teles. Era reitor D. Nuno quando, em 31 de outubro de 1716, chegou a provisão que autorizava a construção de um novo edifício para Biblioteca (será a que ficou conhecida como “Joanina”). D. Nuno colocou solenemente a primeira pedra em 17 de Julho de 1717.
1719-22 – Pedro Sanches Farinha de Baena
1722-22 – Francisco Carneiro de Figueiroa
1745-57 – D. Francisco da Anunciação (con. Regr. S. Agostinho)
1758-67 – Gaspar de Saldanha e Albuquerque
1770-79 – D. Francisco de Lemos de Faria Pereira Coutinho. Foi com este reitor que se iniciou a Reforma Pombalina. Passaram então a existir seis faculdades: Teologia, Cânones, Leis e Medicina, mais as duas recém-criadas Matemática e Filosofia. Para prover estes novos estudos construíram-se vários edifícios concebidos para a investigação nas novas áreas científicas.
1779-85 – D. Francisco Rafael Miguel António de Mendonça
1786-99 – D. Francisco Rafael de Castro
1799-1821 – D. Fr. Francisco de Lemos Faria Pereira Coutinho

1821-23 – D. Fr. Francisco de S. Luís (O.S. Bento)
1823-27 – D. Diogo de Castro do Rio Furtado de Mendonça. Após a morte de D. Diogo de Castro, a Universidade passou a ser governada por vice-reitores.
1841-48 – Sebastião Correia de Sá (conde de Terena). Após a Reforma Pombalina, foi o primeiro reitor que não tinha estudado na Universidade.
1850-53 – José Machado de Abreu
1859-63 – Basílio Alberto de Sousa Pinto (Visconde de S. Jerónimo)
1863-64 – Vicente Ferrer de Neto Paiva
1866-68 – António Luís de Seabra (Visconde de Seabra). O seu nome ficou ligado ao primeiro Código Civil Português, cujo original se conserva no Arquivo da Universidade de Coimbra (1867) e que esteve em vigor durante mais de um século.
1869-84 – Júlio Máximo de Oliveira Pimentel (Visconde de Vila Maior)
1886-90 – Adriano de Abreu Cardoso Machado. Foi durante o seu mandato que, em 1887, a “Academia Dramática de Coimbra” teve novos estatutos, a 3 de novembro, passando a ser designada Associação Académica de Coimbra.
1890-92 – António dos Santos Viegas.
1892-98 – António Augusto da Costa Simões.